Neseniai atliktas metagenominis tyrimas atskleidė itin įvairų virusų ir bakterijų spektrą, kurį Heilongdziango provincijoje platina graužikai, įskaitant Lassos virusą, Amūro virusą, Salmonella ir Yersinia pestis.
Tyrime buvo panaudotaPatogenų RNR praturtinimo rinkinys iš „Macro & Micro-Test“, pagrįstas zondo gaudymo technologija. Pasirinktinai pašalinant šeimininko rRNR ir kitus konservuotus šeimininko fragmentus, metodas efektyviai išsaugojo mikrobų RNR, žymiai pagerindamas patogenų aptikimo jautrumą. Šis patogenų RNR praturtinimo etapas buvo labai svarbus siekiant aukšto aptikimo dažnio ir suteikė tvirtą techninę paramą patogenų stebėjimui.
Graužikai: pagrindiniai zoonozių rezervuarai
Graužikai yra gausiausia ir plačiausiai paplitusi žinduolių grupė, apimanti daugiau nei 2000 rūšių visame pasaulyje ir sudaranti daugiau nei 40 % visų žinduolių rūšių.
Be ekologinės svarbos, graužikai yra pagrindiniai daugelio zoonozių sukėlėjų rezervuarai ir pernešėjai.Kadangi graužikų buveinės dažnai sutampa su žmonių aplinka – per tiesioginius įkandimus, sąlytį su išmatomis arba netiesioginį perdavimą per blusas ir erkes – jų platinami patogenai kelia nuolatinę grėsmę visuomenės sveikatai.
Pažymėtina, kad daugiau nei 70 % naujų infekcinių ligų kyla iš laukinių gyvūnų, o graužikai yra vienas iš svarbiausių virusų rezervuarų.
Heilongdziango pasienio regionas: patogenų stebėjimo priešakinės linijos
Heilongdziangas, pasienio provincija šiaurės rytų Kinijoje, turi gausius ekologinius išteklius ir ribojasi su keliomis šalimis. Dėl didelės biologinės įvairovės ir dažno gyventojų judėjimo tarpvalstybiniu mastu susidaro palankios sąlygos patogenų plitimui.
2021 m. birželio–liepos mėnesiais tyrėjai Hengdaohezi miestelyje, Mudandziango mieste, surinko 67 laukinius graužikus. Mėginiai apėmė:
l 20Apodemus pusiasaliai
l 47Myodes rufocanus
Visi egzemplioriai buvo sugauti gyvenamosiose vietovėse ir aplinkinėse dirbamose žemėse, pabrėžiant glaudų žmonių gyvenviečių ir laukinės gamtos buveinių sąlytį.
Patogenų praturtinimo technologija: šeimininko foninių trukdžių įveikimas
Metagenominėje sekoskaitoje šeimininko RNR paprastai dominuoja sekoskaitose, maskuodama mažo patogeno kiekio signalus.
Siekiant išspręsti šį iššūkį, tyrime buvo panaudota„Macro & Micro-Test“ patogenų metagenomikos aptikimo rinkinys. Naudojant zondų gaudymo technologiją, specialiai sukurti zondai jungiasi prie šeimininko rRNR ir konservuotų sekų, taip sudarydami sąlygas jų išeikvojimui ir taip praturtindami mikrobų RNR.
Šis metodas gerokai pagerino patogenų aptikimo jautrumą, leisdamas tolesnės sekoskaitos būdu atkurti didesnę patogenų nuskaitymų dalį. Praturtinimo etapas padėjo tvirtą pagrindą tiksliai apibūdinti graužikų pernešamą patogenų spektrą.
Po praturtinimo RNR mėginiai buvo transkribuoti atvirkštine tvarka, sudaryti biblioteką ir atlikti didelio našumo sekvenavimą. Bioinformatinė analizė apėmė:
Šeimininko genomo filtravimas
Taksonominė klasifikacija naudojant Kraken2
l Gausos korekcija naudojant paparčius
Šis darbo eigas sukūrė išsamų virusinių ir bakterijų bendruomenių profilį.
Tyrimo rezultatai: kelių virusų ir bakterijų bendra cirkuliacija
Virusiniai radiniai
Aptikti virusai priklausė 21 virusų šeimai, įskaitantArenaviridaeirHantaviridae.
Periš naujoSurinkus naudojant „Megahit“, buvo sukurti 154 virusiniai kontigai, iš kurių 110 sutapo su 19 virusų iš aštuonių šeimų.
In Apodemus pusiasaliaibuvo identifikuoti šie virusai:
l Arenavirusai: Lassa virusas, Venžou virusas, Gairo virusas
l Hantavirusai: Amūro virusas, Puumala virusas
In Myodes rufocanusBuvo aptikti žiurkių arterivirusas ir Amūro virusas.
Tarp šių patogenų:
Lassa virusas yra virusinės hemoraginės karštligės sukėlėjas, o mirtingumas nuo šios ligos siekia maždaug 20 %.
Amūro virusas yra vienas iš patogenų, sukeliančių hemoraginę karštligę su inkstų sindromu (HFRS). Kinija nurodo didžiausią pasaulyje hantaviruso infekcijų naštą.
Bakterijų radiniai
Iš viso buvo anotuota 1051 bakterijų gentis.
Gausiausios gentys buvo:
lSalmonelė(26–31 %)
lJersinija(11–23 %)
Salmonelėyra pagrindinis per maistą plintantis patogenas, atsakingas už maždaug 9 milijonus vidurių šiltinės atvejų ir maždaug 110 000 mirčių per metus visame pasaulyje.
Yersinia pestis, maro sukėlėjas, sukėlė tris istorines pandemijas. Heilongdziango provincija yra pripažinta vienu iš natūralių maro židinių Kinijoje ir tebėra prioritetinis maro stebėjimo regionas.
Tyrimo reikšmė
Moksliniai indėliai
Šis tyrimas yra pirmoji ataskaita apie Lassos viruso fragmentus ir žiurkių arterito virusą graužikuose iš Heilongdziango, plečianti Kinijos graužikų platinamų patogenų duomenų bazę.
Jis sistemingai apibūdina virusines ir bakterines bendruomenes vietinėse graužikų populiacijose, pateikdamas pradinius duomenis zoonozių stebėsenai pasienio regionuose.
Poveikis visuomenės sveikatai
Išvados pabrėžia nuolatinės stebėsenos ir patogenų patikros poreikį.A. pusiasalisirM. rufocanus.
Duomenys pateikia mokslinių įrodymų, patvirtinančių šaltinių kontrolės strategijas tokioms ligoms kaip maras ir hemoraginė karštligė su inkstų sindromu.
Metodologiniai stiprybės
Metagenominis sekvenavimas leidžia nešališkai aptikti tiek žinomus, tiek naujus patogenus.
Šiame tyrime „Macro & Micro-Test“ patogenų praturtinimo technologija pademonstravo puikų našumą, efektyviai pagerindama tikslinių patogenų aptikimą sudėtinguose biologiniuose mėginiuose. Rezultatai patvirtina jos gebėjimą palaikyti didelio jautrumo patogenų identifikavimą laukinės gamtos stebėjimo srityje.
Produkto rekomendacija
Remiantis sėkmingu pritaikymu šiame tyrime, „Macro & Micro-Test Patogen RNR Enrichment Kit“ labai rekomenduojamas metagenominės stebėsenos tyrimams.
Efektyviai pašalindamas šeimininko nukleorūgštis ir praturtindamas mikrobų sekas, rinkinys žymiai pagerina aptikimo jautrumą ir duomenų kokybę. Jis yra esminė priemonė tiksliam patogenų aptikimui sudėtinguose mėginiuose ir teikia tvirtą techninę paramą visuomenės sveikatos stebėsenai, zoonozių rizikos vertinimui ir pasirengimui protrūkiams.
Contact to learn more: marketing@mmtest.com
Įrašo laikas: 2026-03-02