Novatoriškas TB ir DR -TB diagnostikos sprendimas, pateiktas #MACRO & MICRO -TEST!

Naujas ginklas, skirtas diagnozuoti tuberkuliozę ir nustatyti atsparumą vaistams: naujos kartos tikslinė sekos nustatymas (TNG) kartu su mašininiu mokymuis

Literatūros ataskaita: CCA: diagnostinis modelis, pagrįstas TNG ir mašininiu mokymu, kuris yra tinkamas žmonėms, turintiems mažiau bakterinės tuberkuliozės ir tuberkuliozinio meningito.

Tezės pavadinimas: Tuberkuliologiškai nukreipta naujos kartos sekos nustatymas ir mašininis mokymasis: ypač jautri diagnostinė strategija, skirta paulinių plaučių vamzdeliams ir kanalėlių meningitui.

Periodinis: 《Clinica Chimica Acta》

Jei : 6.5

Leidimo data: 2024 m. Sausio mėn

Kartu su Kinijos universiteto mokslų akademija ir Pekino krūtinės ligoninė Sostinės medicinos universitetas, „Macro & Micro-Test“ sukūrė tuberkuliozės diagnozės modelį, pagrįstą naujos kartos tikslinės sekos (TNG) technologijos ir mašinų mokymosi metodu, kuris pateikė ypač aukštą aukštą aukštą. Tuberkuliozės, turinčios nedaug bakterijų ir tuberkuliozinio meningito, aptikimo jautrumas, pateikė naują padidėjusio jautrumo diagnozės metodą dviejų tipų klinikinei diagnozei Tuberkuliozė ir padėjo tikslią diagnozę, atsparumą vaistams nustatyti ir gydyti tuberkuliozę. Tuo pat metu nustatyta, kad paciento plazmos cfDNR gali būti naudojama kaip tinkamas mėginio tipas klinikiniam mėginių ėmimui diagnozuojant TBM.

Šiame tyrime dviem klinikinėms grupėms nustatyti buvo naudojami 227 plazmos mėginiai ir smegenų skysčio mėginiai, kuriuose buvo naudojami laboratorinės diagnostinės kohortos mėginiai, siekiant nustatyti, kad mašininio mokymosi modeliui nustatyti tuberkuliozės diagnozė, ir klinikinės diagnostinės kohortos mėginiai buvo naudojami nustatant nustatytą nustatytąjį mokymosi modelį, o klinikinės diagnostinės kohortos mėginiai buvo naudojami nustatant nustatytą nustatytą mokymosi modelį, o klinikinės diagnostinės kohortos mėginiai buvo naudojami nustatant nustatytą nustatytą mokymosi modelį, o klinikinės diagnostikos kohortos mėginiai buvo naudojami nustatant nustatytą nustatytą mokymosi modelį, o klinikinės diagnostinės kohortos mėginiai buvo naudojami nustatant nustatytą nustatytą mokymosi modelį, o klinikinės diagnostinės kohortos mėginiai buvo naudojami nustatant nustatytąjį mokymosi modelį, o klinikinės diagnostikos kohortos mėginiai buvo naudojami nustatant nustatytąjį mokymosi modelį. Diagnostinis modelis. Visi mėginiai pirmiausia buvo nukreipti į specialiai suprojektuotą tikslinį Mycobacterium tuberculosis fiksavimo zondo fondą. Tada, remiantis TB-TNGS sekos nustatymo duomenimis, sprendimų medžio modelis yra naudojamas 5 kartų kryžminio patvirtinimui atlikti laboratorinės diagnostinės eilės treniruočių ir patvirtinimo rinkiniams bei gauti plazmos mėginių diagnostinius slenksčius ir smegenų skysčių mėginius. Gauta slenkstis įtraukiama į du klinikinės diagnozės eilės bandymų rinkinius aptikimui, o besimokančiajam diagnozės veikla įvertinama ROC kreive. Galiausiai buvo gautas tuberkuliozės diagnozės modelis.

1 pav. Tyrimo projekto schema

Results: According to the specific thresholds of CSF DNA sample (AUC = 0.974) and plasma cfDNA sample (AUC = 0.908) determined in this study, among 227 samples, the sensitivity of CSF sample was 97.01%, the specificity was 95.65%, and Plazmos mėginio jautrumas ir specifiškumas buvo 82,61% ir 86,36%. Išanalizavus 44 suporuotus cfDNR ir smegenų skysčio DNR iš TBM sergančių pacientų mėginius, šio tyrimo diagnostinės strategijos diagnostinė strategija yra aukšta 90,91% (40/44) cfDNR ir smegenų skysčio DNR, o jautrumas yra 95,45%). (42/44). Vaikams, sergantiems plaučių tuberkulioze, šio tyrimo diagnostinė strategija yra jautresnė plazmos mėginiams nei tų pačių pacientų skrandžio sulčių mėginių XPERT aptikimo rezultatai (28,57%, palyginti su 15,38%).

2 pav. Tuberkuliozės diagnozės modelio analizė gyventojų mėginių modeliui

3 pav. Suporuotų mėginių diagnostiniai rezultatai

Išvada: Šiame tyrime buvo nustatytas padidėjusio jautrumo tuberkuliozės diagnostinis metodas, kuris gali suteikti diagnostikos įrankį, kurio klinikiniai pacientai, sergantys oligobakilizuojančia tuberkulioze (neigiama kultūra), nustatymo jautrumas. Padidėjusio jautrumo tuberkuliozės nustatymas, pagrįstas cfDNR plazmoje, gali būti tinkamas mėginio tipas aktyviosios tuberkuliozės ir tuberkuliozinio meningito diagnozei (plazmos mėginiai yra lengviau surinkti nei smegenų skystis pacientams, įtariamiems smegenų tuberkulioze).

Originali nuoroda: https://www.sciNedirect.com/science/article/pii/S0009898123004990? per%3Dihub

Trumpas „Macro & Micro-Test“ tuberkuliozės serijos aptikimo produktų įvedimas

Atsižvelgiant į sudėtingą tuberkuliozės pacientų ir įvairių poreikių pavyzdžių situaciją, „Macro & Micro-Test“ pateikia išsamų NGS sprendimų, skirtų suskystinimo iš skreplių mėginių, rinkinį iš skreplių mėginių, „Qualcomm“ bibliotekų konstrukcijos ir sekos nustatymo bei duomenų analizės. Produktai apima greitą tuberkuliozės pacientų diagnozę, atsparumo vaistams nustatymas tuberkuliozė, Mycobacterium tuberculosis ir NTM spausdinimas, padidėjusio jautrumo bakterijų neigiamos tuberkuliozės ir tuberkuliozės žmonių jautrumo diagnozė ir kt.

Tuberkuliozės ir mikobakterijų serijinių aptikimo rinkiniai:

Prekės Nr Produkto pavadinimas Produkto bandymo turinys Mėginio tipas Taikomas modelis
HWTS-3012 Mėginio išleidimo agentas Naudojama skystėjant skreplių mėginių apdorojant, buvo gautas pirmos klasės įrašo numeris „Sutong Machinery Equipment 20230047“. skrepė
HWTS-NGS-P00021 „Qualcomm“ kiekio aptikimo rinkinys, skirtas padidėjusiai jautriai tuberkuliozei (zondo fiksavimo metodas) Neinvazinis (skystos biopsijos) padidėjusio jautrumo aptikimas bakterijoms neigiamas plaučių tuberkuliozė ir smegenų mazgeliai; Žmonių, įtariamų užsikrėtus tuberkulioze ar ne tuberkuliozės mikobakterijomis buvo pateikti. Periferinis kraujas, alveolių plovimo skystis, hidrotoraksas ir ascitas, fokusavimo punkcijos mėginys, smegenų skystis. Antroji karta
HWTS-NGS-T001 „Mycobacterium“ spausdinimas ir atsparumo vaistams aptikimo rinkinys (multiplekso amplifikacijos sekos nustatymo metodas) „Mycobacterium“ spausdinimo testas, įskaitant MTBC ir 187 NTMMycobacterium tuberculosis atsparumas vaistams apima 13 vaistų ir 16 pagrindinių atsparumo vaistams genų mutacijų vietų. Skreplių, alveolių plovimo skystis, hidrotoraksas ir ascitas, fokusavimo punkcijos mėginys, smegenų skystis. Antros/trečiosios kartos dvigubos platforma

Svarbiausi dalykai: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium spausdinimo ir atsparumo vaistams aptikimo rinkinys (multiplekso stiprinimo metodas)

Produkto įvadas

Produktas yra pagrįstas pagrindiniais pirmojo ir antros eilės vaistais, aprašytais PSO gydymo gairėse, makrolidais ir aminoglikozidais, dažniausiai naudojamais NTM gydymo gairėse, o atsparumo vaistams vietos apima visą vieną su narkotikais susijusių vietų grupę, susijusią su narkotikais, susijusiose vietose. Kas Mycobacterium tuberculosis komplekso mutacijų katalogas, taip pat kiti pranešti atsparumo vaistams genai ir mutacijos vietos pagal aukšto balo kaupimo tyrimą ir statistiką Literatūra namuose ir užsienyje.

Rašymo identifikavimas grindžiamas NTM padermėmis, apibendrintomis NTM gairėse, kurias paskelbė Kinijos žurnalas apie tuberkuliozę ir kvėpavimo takų ligas bei ekspertų sutarimą. Suprojektuoti spausdinimo pradmenys gali amplifikuoti, seka ir komentuoti daugiau nei 190 NTM rūšių.

Taikant tikslinę multipleksinės PGR amplifikacijos technologiją, genotipų genai ir vaistams atsparūs Mycobacterium genai buvo amplifikuoti multipleksu PGR, o buvo gautas aptiktų tikslinių genų amplikono derinys. Amplifikuoti produktai gali būti sukonstruoti į antros kartos arba trečiosios kartos didelio pralaidumo sekos bibliotekas, o visos antrosios kartos ir trečiosios kartos sekos platformos gali būti taikomos aukštai giliai sekos nustatymui, kad būtų gauta tikslinių genų sekos informacija. Palyginus su žinomomis mutacijomis, esančiomis integruotoje etaloninėje duomenų bazėje (įskaitant Who Mycobacterium tuberculosis komplekso mutacijų katalogą ir jo ryšį su atsparumu vaistams), buvo nustatytos mutacijos, susijusios su atsparumu vaistams ar vaistų nuo tuberkuliozės jautrumui. Kartu su savarankiškai atidarytu skreplių mėginio apdorojimo makro ir mikro testu tirpalu, klinikinių skreplių mėginių (dešimt kartų didesnė nei tradicinių metodų) mažo nukleorūgščių amplifikacijos efektyvumo problema buvo išspręsta, kad būtų galima nustatyti atsparumo vaistams sekos nustatymą Tiesiogiai taikoma klinikiniams skreplių mėginiams.

Produktų aptikimo diapazonas

34su narkotikais susiję genai18Vaistai anti-tuberkuliozės ir6NTM vaistai buvo aptikti, dengiantys297Atsparumo narkotikams vietos; Dešimt rūšių Mycobacterium tuberculosis ir daugiau nei190Buvo aptiktos NTM rūšys.

1 lentelė: 18+6 vaistų informacija+190+NTM

Produkto pranašumas

Stiprus klinikinis pritaikomumas: skreplių mėginius galima tiesiogiai aptikti su savęs skysčio agentu be kultūros.

Eksperimentinė operacija yra paprasta: pirmasis amplifikacijos operacijos etapas yra paprastas, o bibliotekos konstrukcija baigta per 3 valandas, o tai pagerina darbo efektyvumą.

Išsamus spausdinimas ir atsparumas vaistams: apima MTB ir NTM spausdinimo ir atsparumo vaistams vietas, kurios yra pagrindiniai klinikinio susirūpinimo taškai, tikslus spausdinimo ir atsparumo vaistams nustatymas, palaikanti nepriklausomą analizės programinę įrangą ir generuojant analizės ataskaitas vienu paspaudimu.

Suderinamumas: Produkto suderinamumas, pritaikymas prie pagrindinės ILM ir MGI/ONT platformų.

Produkto specifikacija

Produkto kodas Produkto pavadinimas Aptikimo platforma specifikacijos
HWTS-NGS-T001 „Mycobacterium“ spausdinimas ir atsparumo vaistams aptikimo rinkinys (multiplekso amplifikacijos metodas) Ont 、 Illumina 、 MGI 、 SALUS PRO 16/96RXN

Pašto laikas: 2012 m. Sausio 23 d