Naujas tuberkuliozės diagnostikos ir atsparumo vaistams aptikimo ginklas: naujos kartos tikslinis sekvenavimas (tNGS) kartu su mašininiu mokymusi tuberkuliozės padidėjusio jautrumo diagnostikai
Literatūros ataskaita: CCa: diagnostinis modelis, pagrįstas tNGS ir mašininiu mokymusi, tinkamas žmonėms, sergantiems rečiau bakterine tuberkulioze ir tuberkulioziniu meningitu.
Baigiamojo darbo pavadinimas: Į tuberkuliozę nukreiptas naujos kartos sekos nustatymas ir mašininis mokymasis: itin jautri ramiųjų plaučių kanalėlių ir kanalėlių meningito diagnostikos strategija.
Periodinis leidinys: „Clinica Chimica Acta“
JEI: 6.5
Paskelbimo data: 2024 m. sausio mėn
Kartu su Kinijos mokslų akademijos universitetu ir Pekino sostinės medicinos universiteto krūtinės ligonine, Macro & Micro-Test sukūrė tuberkuliozės diagnostikos modelį, pagrįstą naujos kartos tikslinės sekos nustatymo (tNGS) technologija ir mašininio mokymosi metodu, kuris suteikė itin aukštą aptikimo jautrumas tuberkuliozei su nedaug bakterijų ir tuberkulioziniam meningitui, suteikė naują padidėjusio jautrumo diagnostikos metodą dviejų tipų tuberkuliozės klinikinei diagnostikai, padėjo tiksliai diagnozuoti, nustatyti atsparumą vaistams ir gydyti tuberkuliozę.Tuo pačiu metu nustatyta, kad paciento plazmos cfDNR gali būti naudojama kaip tinkamas mėginio tipas klinikiniam mėginių ėmimui diagnozuojant TBM.
Šiame tyrime 227 plazmos ir smegenų skysčio mėginiai buvo panaudoti dviem klinikinėms kohortoms sudaryti, kuriose laboratorinės diagnostinės kohortos mėginiai buvo panaudoti tuberkuliozės diagnostikos mašininio mokymosi modeliui nustatyti, o klinikinės diagnostikos kohortos mėginiai buvo naudojami nustatytiems patikrinimams. diagnostinis modelis.Pirmiausia visi mėginiai buvo nukreipti į specialiai sukurtą tikslinį Mycobacterium tuberculosis surinkimo zondo telkinį.Tada, remiantis TB-tNGS sekos nustatymo duomenimis, sprendimų medžio modelis atliekamas 5 kartus kryžminiam laboratorinės diagnostikos eilės mokymo ir patvirtinimo rinkinių patvirtinimui ir gaunami plazmos mėginių bei smegenų skysčio mėginių diagnostiniai slenksčiai.Gautas slenkstis įtraukiamas į du klinikinės diagnostikos eilės testų rinkinius aptikimui, o besimokančiojo diagnostinė veikla vertinama pagal ROC kreivę.Galiausiai buvo gautas tuberkuliozės diagnostikos modelis.
1 pav. tyrimo projekto schema
Rezultatai: Pagal šiame tyrime nustatytus specifinius likvoro DNR mėginio (AUC = 0,974) ir plazmos cfDNR mėginio (AUC = 0,908) slenksčius, tarp 227 mėginių, likvore mėginio jautrumas buvo 97,01%, specifiškumas 95,65% ir plazmos mėginio jautrumas ir specifiškumas buvo 82,61% ir 86,36%.Analizuojant 44 suporuotus plazmos cfDNR ir smegenų skysčio DNR mėginius iš pacientų, sergančių TBM, šio tyrimo diagnostikos strategija yra didelė 90,91 % (40/44) plazmos cfDNR ir smegenų skysčio DNR konsistencija, o jautrumas yra 95,45 %. (42/44).Vaikams, sergantiems plaučių tuberkulioze, šio tyrimo diagnostikos strategija yra jautresnė plazmos mėginiams nei Xpert aptikimo rezultatai iš tų pačių pacientų skrandžio sulčių mėginių (28,57 % VS 15,38 %).
2 pav. Tuberkuliozės diagnostikos modelio analizė populiacijos mėginiams
3 pav. Suporuotų mėginių diagnostikos rezultatai
Išvada: Šiame tyrime buvo sukurtas padidinto jautrumo tuberkuliozės diagnostikos metodas, kuris gali būti diagnostikos įrankis su didžiausiu aptikimo jautrumu klinikiniams pacientams, sergantiems oligobaciline tuberkulioze (neigiama kultūra).Padidėjusio jautrumo tuberkuliozės nustatymas pagal plazmos cfDNR gali būti tinkamas mėginio tipas diagnozuojant aktyvią tuberkuliozę ir tuberkuliozinį meningitą (pacientams, įtariamiems smegenų tuberkulioze, plazmos mėginius paimti lengviau nei smegenų skysčio).
Originali nuoroda: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990?per%3Dihub
Trumpas Macro & Micro-Test serijos tuberkuliozės aptikimo produktų pristatymas
Atsižvelgiant į sudėtingą tuberkuliozės pacientų mėginių situaciją ir įvairius poreikius, „Macro & Micro-Test“ pateikia visą NGS sprendimų rinkinį, skirtą skreplių mėginių suskystėjimui, Qualcomm bibliotekos konstravimui ir sekos nustatymui bei duomenų analizei.Produktai apima greitą tuberkuliozės pacientų diagnostiką, tuberkuliozės atsparumo vaistams nustatymą, mycobacterium tuberculosis ir NTM tipizavimą, bakterijų neigiamos tuberkuliozės ir tuberkuliozės žmonių padidėjusio jautrumo diagnostiką ir kt.
Serijiniai tuberkuliozės ir mikobakterijų aptikimo rinkiniai:
| Prekės Nr | produkto pavadinimas | produkto testavimo turinys | mėginio tipas | taikomas modelis |
| HWTS-3012 | Mėginio išleidimo agentas | Naudojamas skystinant skreplių mėginius, gavo pirmos klasės rekordinį numerį – Sutong Machinery Equipment 20230047. | skreplių | |
| HWTS-NGS-P00021 | Qualcomm kiekio aptikimo rinkinys padidėjusio jautrumo tuberkuliozei (zondo fiksavimo metodas) | Neinvazinis (skysčių biopsijos) padidėjusio jautrumo nustatymas dėl bakterijų neigiamos plaučių tuberkuliozės ir smegenų mazgelių;Žmonių, įtariamų užsikrėtusių tuberkulioze ar netuberkuliozinėmis mikobakterijomis, mėginiai buvo ištirti taikant didelio sekvenavimo metagenomiką, aptikimo informaciją, ar buvo užsikrėtę tuberkuliozės ar ne tuberkuliozės mikobakterijos, ir pagrindinė mycobacterium tuberculosis atsparumo vaistams informacija. buvo pateikti. | Periferinis kraujas, alveolių plovimo skystis, hidrotoraksas ir ascitas, židinio punkcijos mėginys, smegenų skystis. | Antroji karta |
| HWTS-NGS-T001 | Mikobakterijų tipavimo ir atsparumo vaistams nustatymo rinkinys (daugiapleksinės amplifikacijos sekos nustatymo metodas) | Mikobakterijų tipavimo testas, įskaitant MTBC ir 187 NTM；Mycobacterium tuberculosis atsparumo vaistams aptikimas apima 13 vaistų ir 16 pagrindinių atsparumo vaistams genų mutacijų vietų. | Skrepliai, alveolių plovimo skystis, hidrotoraksas ir ascitas, židinio punkcijos mėginys, smegenų skystis. | Antros/trečios kartos dviguba platforma |
Svarbiausi ypatumai: HWTS-NGS-T001 mikobakterijų tipavimo ir atsparumo vaistams aptikimo rinkinys (multiplekso amplifikacijos metodas)
Produkto pristatymas
Produktas yra pagrįstas pagrindiniais pirmosios ir antrosios eilės vaistais, aprašytais PSO TB gydymo gairėse, makrolidais ir aminoglikozidais, paprastai naudojamais NTM gydymo gairėse, o atsparumo vaistams vietos apima visas su atsparumu vaistams susijusių vietų grupę. PSO Mycobacterium tuberculosis kompleksinių mutacijų katalogas, taip pat kiti pranešti atsparumo vaistams genai ir mutacijų vietos, remiantis daug balų surinktos literatūros tyrimu ir statistika šalyje ir užsienyje.
Tipo identifikavimas pagrįstas NTM padermėmis, kurios apibendrintos NTM gairėse, kurias paskelbė Kinijos tuberkuliozės ir kvėpavimo ligų žurnalas, ir ekspertų sutarimu.Sukurti tipavimo pradmenys gali sustiprinti, sekti ir komentuoti daugiau nei 190 NTM rūšių.
Taikant tikslinę multiplekso PGR amplifikacijos technologiją, Mycobacterium genotipų nustatymo genai ir vaistams atsparūs genai buvo amplifikuoti daugialypiu PGR ir buvo gautas tikslinių genų amplikonų derinys, kurį reikia aptikti.Sustiprintus produktus galima sukonstruoti į antrosios arba trečiosios kartos didelio našumo sekos nustatymo bibliotekas, o visos antrosios ir trečiosios kartos sekos nustatymo platformos gali būti atliekamos išsamiai, siekiant gauti tikslinių genų sekos informaciją.Palyginus su žinomomis mutacijomis, esančiomis integruotoje informacinėje duomenų bazėje (įskaitant PSO Mycobacterium tuberculosis kompleksinių mutacijų katalogą ir jo ryšį su atsparumu vaistams), buvo nustatytos mutacijos, susijusios su atsparumu vaistams arba jautrumu vaistams nuo tuberkuliozės.Kartu su savaime atidaromu skreplių mėginių apdorojimo tirpalu Macro & Micro-Test buvo išspręsta mažo klinikinių skreplių mėginių nukleorūgščių amplifikacijos efektyvumo (dešimt kartų didesnis nei tradicinių metodų) problema, kad būtų galima nustatyti atsparumo vaistams seką. tiesiogiai taikomas klinikiniams skreplių mėginiams.
Produktų aptikimo diapazonas
34su atsparumu vaistams susiję genai18vaistai nuo tuberkuliozės ir6Buvo aptikta NTM narkotikų, apimanti297atsparumo vaistams vietos;Dešimt rūšių Mycobacterium tuberculosis ir daugiau nei190buvo aptikta NTM rūšių.
1 lentelė. Informacija apie 18+6 vaistus +190+NTM
Produkto pranašumas
Stiprus klinikinis prisitaikymas: skreplių mėginius galima tiesiogiai aptikti naudojant savaiminio skystinimo priemonę be kultūros.
Eksperimentinė operacija yra paprasta: pirmasis stiprinimo operacijos etapas yra paprastas, o bibliotekos statyba baigiama per 3 valandas, o tai pagerina darbo efektyvumą.
Išsamus tipavimas ir atsparumas vaistams: apima MTB ir NTM tipavimo ir atsparumo vaistams vietas, kurios yra pagrindinės klinikinės problemos, tikslus tipavimas ir atsparumo vaistams aptikimas, nepriklausomos analizės programinės įrangos palaikymas ir analizės ataskaitų generavimas vienu paspaudimu.
Suderinamumas: produktų suderinamumas, pritaikymas pagrindinėms ILM ir MGI/ONT platformoms.
Produkto Aprašymas
| Prekės kodas | produkto pavadinimas | Aptikimo platforma | specifikacijas |
| HWTS-NGS-T001 | Mikobakterijų tipavimo ir atsparumo vaistams nustatymo rinkinys (multiplekso amplifikacijos metodas) | ONT, Illumina, MGI, Salus pro | 16/96rxn |
Paskelbimo laikas: 2024-01-23